Влияние ксенона на систему ДНК-связанная вода по данным метода импульсного ЯМР

Оглавление

  1. Дорога к бессмертию
  2. Бессмертие и религия
  3. Философия бессмертия
  4. Бессмертие и наука
  5. История анабиоза
  6. Смерть
  7. Кора головного мозга
  8. Бессмертие и анабиоз
  9. Анабиоз, медицина и биология
  10. Анабиоз и экономика
  11. Анабиоз и закон
  12. Анабиоз в Антарктиде
  13. Техническое обеспечение анабиоза
  14. Бессмертие и вера
  15. Библиотека Ordo Deus
  16. Контактная страница Ordo Deus

Влияние ксенона на систему ДНК-связанная вода
по данным метода импульсного ЯМР

Родин В.В., Новиков И.А., Волков В.Я.
«Криобиология № 4 1989 г.»

Методом импульсного ЯМР изучено влияние инертного газа ксенона на характер перестроек в гидрзтнон оболочке ДНК при Т < 273° К в интервале относительной влажности 80—100%.

Известно, что вода играет важную роль в формировании и стабилизации структуры таких биополимеров, как ДНК, РНК и белки. От состояния гидратной оболочки лиофнлизированной ДНК зависит устойчивость ДНК-содержащих биопрепаратов при некоторых экстремальных воздействиях (5). Поэтому возникает необходимость исследования на молекулярном уровне механизма возможных структурных перестроек в системе ДНК-связанная вода и поиска различных условий и факторов, влияющих на эти перестройки.

По данным литературы (3, 5). препараты лиофилизированнойн ДНК при относительной влажности свыше 70—80% в области температур менее 273° К° претерпевают два структурных перехода, один из которых обусловлен вымерзанием воды, тогда как другой, происходящий при более высоких температурах (258—268° К°), не связан с переходом воды в лед. Эти переходы обнаружены по температурным зависемостям времени корреляции вращения спинового зонда (5) и изучены методами ЯМР (3). При подборе веществ, влияющих на структурные переходы в данной системе, выбор падает на соединения, которые производят наименьшее химическое воздействие на макромолекулы самого биополимера. В этой связи представляется возможным использовать инертный газ ксенон (оказывающий при определенных условиях сильное влияние на структуру воды (1,6)), который в растворах биополимеров и клеточных суспензиях уже был апробирован нами ранее (4). В данной работе методом импульсного ЯМР исследовался механизм влияния ксенона на препараты лиофилизированиой ДНК с относительной влажностью 75—100%.

В работе использовались лиофилыю высушенные препараты натриевой соли тимусной ДНК, выдержанные в парах насыщенных растворов солей с относительной влажностью 75—100%. ДНК в этих условиях имеет выскоупорядоченную структуру двойной спирали (5). Лиофильно сухие препараты помещались в специальные пирексные ампулы, после чего образцы насыщали водой в эксикаторах с соответствующей относительной влажностью, закрывали герметическими крыш¬ками и использовали в последующих ЯМР-экспернментах.

Экспериментальные данные получали на основе анализа амплитуды сигнала свободной индукции (ССИ) (ССИ протонов после 90°-го импульса и времени спин-спиновой релаксации Т2 протонов воды и протонов ДНК). Время спин-спиновой релаксации протонов воды определяли на частоте резонанса 90 МГц с помощью серии Карра-Парселла-Майбума-Гилла. Для протонов ДНК время спин-спиновой релаксации измеряли по спаду ССИ. Анализ спада ССИ, имеющего двухкомпонентный характер, показал, что медленная компонента (Т2 ∼ 2—10 мс) относится к протонам воды, а быстрая — (Т2 ∼ 15—20 мкс) — к протонам ДНК. По уменьшению амплитуды медленной компоненты ЯМР-сигнала при охлаждении рассчитывали содержание незамерзшей воды (с учетом известной массы образца, массы нуклеотида и соответствия ЯМР-сигнала водных протонов количеству воды в образце).

Обработку препаратов ДНК ксеноном проводили статическим методом (4), для чего ампулы с образцами выдерживали под давлением этого газа 0,8—1,2 МПа при 278° К°. В этих условиях образовывались льдоподобные структуры клатратов ксенона, количество которых, как и ранее, оценивали по уменьшению ССИ протонов воды (4). Процесс клатратообразования инициировали путем встряхивания ампул и кратковременного их охлаждения сухим льдом. Температуру образцов поддерживали с точностью 1° К°.

Данные ЯМР-исследованнй структурных переходов в системе ДНК-связанная вода (зависимости логарифмов времени спин-спиновой релаксации протонов воды от обратной температуры (3.5)) были воспроизведены на используемых в настоящей работе препаратах ДНК и представлены на рис. 1. На этом же рисунке приведена зависимость содержания незамерзшей воды в гидратной оболочке ДНК при 86% относительной влажности от температуры с целью сопоставления ее поведения при одних и тех же температурах с динамическими характеристиками водной фазы данной системы.

На кривых ln T2 (рис. 1) отчетливо видны изломы, которые характеризуют резкое уменьшение подвижности водных протонов с понижением температуры и не связаны с замерзанием воды. Образование льда в данных препаратах ДНК с относительной влажностью ∼ 86% не происходит вплоть до 234° К°. Указанные выше перегибы в зависимостях ln Т2 от 1/Т связываются в литературе с конформационными перестройками в структуре гидратнон поверхности ДНК и самой молекулы биополимера (3,5).

Увеличение исходной влажности препаратов ДНК приводило к повышению температуры наблюдаемого перехода (рис. 1, кривые 3, 4), а при высоком содержании воды — и к совпадению ее величины с температурой фазового перехода вода-лед.

Для получения информации об Ordo Deus откройте новое окно. Перейти в оглавление

Рис. 1.
Зависимость ln Т2 от обратной температуры для протонов связанной с ДНК воды (а) и зависимость содержания незамерзшей связанной с ДНК воды от обратной температуры 1/T (б). Препараты ДНК насыщены водой в атмосфере воздуха при различных значениях относительной влажности: (1 — 81 %. 2 — 86 %, 3 — 93 %, 4 — 100 % (a), 86 % (б).
Рис. 2.
Зависимость ln Т2 от обратной температуры дли протонов воды в системе ДНК-связанная вода-ксенон (давление ксенона 1 МПа) при различной относительной влажности: 1 — 81 %, 2 — 86%. 3 — 93%. 4 — 100%.

При обработке ксеноном этих же препаратов ДНК наблюдались характерные изменения положения точек перегибов в зависимостях ln Т2 от 1/Т (рис. 2). Из рисунка видно, что излом указанной зависимости в области 258—266° К° в присутствии ксенона сдвигается в область повышения температур либо совсем исчезает при повышении исходной влажности препаратов. Представленные на этом рисунке данные свидетельствуют также о том, что ксенон начинает изменять гидратную оболочку ДНК при относительной влажности ≥ 86%. При относительной влажности ≥93% большинство молекул воды переходит в твердую фазу клатратов ксенона уже при 270—281° К° в результате этого при температурах менее 273° К° отсутствует переход без вымерзания воды. По-видимому, процесс клатратообразования аналогичен структурному переходу, связанному с вымерзанием воды в системе ДНК-связанная вода в отсутствие данного газа при более низких температурах.

На рис. 3 представлена зависимость количества образующихся клатратов ксенона от исходной влажности образцов ДНК которая указывает на особый характер связывания водных молекул в матрице двойной спирали ДНК. При малом содержании воды в препаратах ДНК (8—9 молекул Н2О на нуклеотнд) водные молекулы достаточно жестко соединены с сахаро-фосфатным остовом и азотистыми основаниями (, и ксенон не может конкурировать с молекулами воды при постройке клатратных ячеек. При влажности препаратов свыше 11—12 молекул Н2О на нуклеотнд (когда начинает появляться второй и последующий монослои водных молекул) происходит набухание матрицы ДНК и появление более слабосвязанных молекул воды. В этих условиях оказывается возможным образование структур клатратоподобного типа в связи с вероятным стабилизирующим влиянием азотистых оснований на структуру воды. Известно, что клатратные структуры с большим количеством содержащихся в них водных молекул образуются такими гидрофобными веществами, как благородные газы, метан, хлор и другие (1, 6). Однако по такому же клатратному тину связывают воду (но только в меньшем количестве) вещества, молекулы которых выступают донорами и акцепторами водородных связей. Соединения, содержащие аминогруппы, могут образовывать водные клатраты не только помещением свиих молекул (или отдельных участков) в полости клатратной решетки воды, но также встраиванием групп NН непосредственно в структуру самой решетки (1, 2, 6). По-видимому, в условиях нашего эксперимента имеет место взаимный стабилизирующий эффект влияния азотистых оснований ДНК и молекул гидрофобного газа в постройке клатратной решетки воды. Количество клатратных структур увеличивается, пока основания ДНК оказывают влияние на имеющуюся в системе воду. Это подтверждается экспериментом, поскольку эффект стабилизации снижается (количество клатратов уменьшается) при больших влажностях ДНК (∼30 молекул Н2О на нуклеотид) так как молекулы внешних монослоев воды испытывают слабое влияние азотистых основании ДНК.

Для получения информации об Ordo Deus откройте новое окно. Перейти в оглавление

Рис. 3.
Зависимость количества образующихся клатратов ксенона от исходного содержания воды в препаратах ДНК при температуре 280° К° и давления газа 1 МПа

Таким образом, результаты работы свидетельствуют, что под давлением ксенона 1 МПа при температурах более 273° К° в препаратах ДНК с относительной влажностью ≥ 86% происходит образование клатратных структур из молекул этого газа и воды, количество и стабильность которых возрастает при понижении температуры. Повидимому, полинуклеотидная матрица ДНК участвует в стабилизации клатратов ксенона. В присутствии ксенона в препаратах ДНК с относительной влажностью ≥ 98% устраняется структурный конформационный переход в области температур 258—268° К°, связанный с резким изменением подвижности молекул и наблюдаемый в образцах в отсутствие газа.

Список литературы

1.Бык С. Ш., Макогон Ю. Ф., Фомина В. И. Газовые гидраты, — М.: Химия, 1980. — 296 с.

2.Дядин Ю. А., Кузнецов П. П., Яковлев И. И. Диаграмма состояния системы вода-диэтиламин в области кристаллизации при давлениях до 3000 бар // Докл. АН СССР. — Сер. Химия. — 1972.— 203, .№ 4. — с. 825 — 828.

3.Новиков И. А., Рыжов В. Г., Волков В. Я. - Исследование системы ДНК-связанная вода в области отрицательных температур методом ЯМР-релаксации // Материалы V совещ. по «информационным изменениям биополимеров в растворах, — Тбилиси; Телави. 1980. — с. 47.

4.Родин В. Я Образование клатратов ксенона я состояние воды в бактериальных суспензиях но данным метода ЯМР: Автореф. дисс. канд. физ-мат. наук. — Пущино: Ин-т биол. физики АН СССР. 1985. — 17 с.

5. Сухоруков Б. И., Новиков И. А. Исследование температурных структуоных переходов в системе ДНК «связанная вода методом спинового зонда // Пущнно. — 1981. — 37 с — Рук. депон. в ВИНИТИ.— № 3361—81.

Волков В.Я., Новиков И.А., Родин В.В.

⇐ Перейти на главную страницу сайта

⇑ Вернуться в начало страницы ⇑

Библиотека Ordo Deus ⇒

⇐ Получение клатратов ксенона в воде и исследование их свойств импульсным методом ЯМР

⇓ Каталог систематический ⇓

Клатраты ⇒

Внимание! Вы находитесь в библиотеке «Ordo Deus». Все книги в электронном варианте, содержащиеся в библиотеке «Ordo Deus», принадлежат их законным владельцам (авторам, переводчикам, издательствам). Все книги и статьи взяты из открытых источников и размещаются здесь только для чтения.

Библиотека «Ordo Deus» не преследует никакой коммерческой выгоды.

Все авторские права сохраняются за правообладателями. Если Вы являетесь автором данного документа и хотите дополнить его или изменить, уточнить реквизиты автора, опубликовать другие документы или возможно вы не желаете, чтобы какой-то из ваших материалов находился в библиотеке, пожалуйста, свяжитесь с нами по e-mail:
info @ ordodeus. ru
Формы для прямой связи с нами находятся в нижней части страниц: контакты и устав «Ordo Deus», для перехода на эти страницы воспользуйтесь кнопкой контакты вверху страницы или ссылкой в оглавлении сайта.

Вас категорически не устраивает перспектива безвозвратно исчезнуть из этого мира? Вы желаете прожить ещё одну жизнь? Начать всё заново? Исправить ошибки этой жизни? Осуществить несбывшиеся мечты? Перейдите по ссылке: «главная страница».

© Ordo Deus, 2010. При копировании ссылка на сайт http://www.ordodeus.ru обязательна.